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Anfangs gab es hier zunächst nur ein paar Häuser, bis sich Neuharlingersiel zu einem lebendigen Hafen- und Sielort entwickelte.
Neuharlingersiel ist durch Eindeichungsmaßnahmen der Harlebucht entstanden und wurde 1693 erstmals urkundlich erwähnt. Anfangs gab es hier zunächst nur ein paar Häuser, bis sich Neuharlingersiel zu einem Hafen- und Sielort entwickelte und das fünf Kilometer entfernte Altharlingersiel in seiner Funktion als Sielort ablöste. Ein Siel ist ein verschließbarer Gewässerdurchlass. Die ersten ihrer Art bestanden noch aus Holz, 1875 wurden sie durch ein festes gemauertes Siel mit schweren Toren aus massivem Hartholz ersetzt.
Zunächst war Neuharlingersiel Umschlagplatz für Frachtschiffe auf ihrem Weg in skandinavische Länder, dann wurde Hochseefischerei betrieben. Nach dem zweiten Weltkrieg erlebte die Kutterfischerei eine Blütezeit. Auf dem Höhepunkt zählte die Neuharlingersieler Kutterflotte stolze 27 Fahrzeuge, die alle in dem damals noch kleinen Fischerhafen Platz fanden.
In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts nahm der Tourismus in den Festlandhäfen – so auch in Neuharlingersiel - zu, teilweise bedingt durch den ebenfalls verstärkten Badebetrieb auf den Inseln. Die erste urkundliche Erwähnung Neuharlingersiels als Badeort stammt aus dem Jahre 1861. Offizielle Werbeprospekte gab es seit dem Jahre 1912. Der Bade- und Verkehrsverein Neuharlingersiel, heute der Kurverein Neuharlingersiel e.V., wurde 1960 gegründet. In der Folgezeit fand der Ausbau des Ortes statt.
Besondere Stationen für den Tourismus waren der Bau des Meerwasser-Hallenbades 30°, des Kurhauses, des Campingplatzes und die Aufspülung eines 20 Hektar großen Sandstrandes mit Strandkörben und einer Strandpromenade für ein gepflegtes Badeleben. Trotz der kontinuierlichen Expansion hat sich das nunmehr über 300 Jahre alte Fischerdorf Neuharlingersiel seinen besonderen Charme erhalten. Der idyllische Kutterhafen mit seinen aktiven Kuttern bildet den Kern und den Anziehungspunkt des Ortes.
Die Gemeinde Neuharlingersiel wurde 1968 durch Zusammenschluss der Gemeinden Neuharlingersiel und Seriem gebildet. Durch Eingliederung von Altharlingersiel und Ostbense wurde Neuharlingersiel 1972 erweitert. Neuharlingersiel ist Mitgliedsgemeinde der Samtgemeinde Esens. Die sieben Gemeinden Stadt Esens, Dunum, Holtgast, Moorweg, Neuharlingersiel, Stedesdorf und Werdum mit ingesamt 17 Ortschaften haben sich 1972 zur Samtgemeinde Esens zusammengeschlossen mit Verwaltungssitz in Esens.